BAHAGIAN PENTADBIRAN DAN HUBUNGAN KORPORAT
Bahagian Pengurusan bertanggungjawab untuk pentadbiran perpustakaan secara umum. Bahagian ini diketuai oleh Timbalan Ketua Pustakawan dan terdiri daripada 2 unit iaitu Unit Pentadbiran, dan Unit Komunikasi Korporat.
BAHAGIAN PERKHIDMATAN MAKLUMAT
Bahagian perkhidmatan terutamanya memberi tumpuan kepada penyediaan perkhidmatan dan kemudahan seperti perkhidmatan rujukan, perkhidmatan peredaran dan lain-lain. Ia juga bertanggungjawab untuk mempromosikan perkhidmatan dan kemudahan kepada pengguna. Bahagian ini diketuai oleh Timbalan Ketua Pustakawan dan terdiri daripada 4 unit iaitu Unit Rujukan, Unit Sirkulasi, Unit Penyelidikan dan Unit Multimedia.
BAHAGIAN PEMBANGUNAN SUMBER
Bahagian Teknikal bertanggungjawab membangunkan koleksi perpustakaan. Bahagian ini dipimpin oleh Pustakawan Kanan dan terdiri daripada 3 unit iaitu Unit Pembangunan Koleksi, Unit Terbitan Bersiri, dan Unit Koleksi Undang-Undang.
BAHAGIAN TEKNOLOGI DAN REPOSITORI
Bahagian Pengurusan bertanggungjawab untuk pentadbiran perpustakaan secara umum. Bahagian ini dipimpin oleh Pustakawan Kanan. Ia terdiri daripada 4 unit yang setiap unit menjalankan fungsi yang berbeza.
PERPUSTAKAAN CAWANGAN PANDAN INDAH
Perpustakaan Cawangan Pandan Indah adalah perpustakaan khas yang melayani keperluan maklumat Fakulti Perubatan & Sains Kesihatan dan Fakulti Pergigian. Ia bertanggungjawab dalam membangunkan koleksi dengan memperoleh dan melanggan kedua-dua bahan bercetak dan dalam talian. Perpustakaan ini diketuai oleh Pustakawan Kanan yang bertanggungjawab terhadap semua aspek pengurusan, teknikal dan perkhidmatan.
PERPUSTAKAAN CAWANGAN KOLEJ PERMATA INSAN
Perpustakaan Cawangan Permata Insan diwujudkan bagi menyokong penubuhan Kolej Permata Insan di USIM iaitu bertujuan melahirkan bakal ilmuan pemikir Islam yang agung berteraskan al-Quran dan al-Sunnah dari awal usia. Falsafah kewujudannya ialah berorientasikan keilmuan Islam yang berasaskan sumber asal iaitu al-Quran dan al-Sunnah. Perpustakaan ini diketuai oleh Penolong Pustakawan yang bertanggungjawab terhadap semua aspek pengurusan, teknikal dan perkhidmatan.