Perpustakaan Universiti Sains Islam Malaysia (USIM) yang sebelum ini dikenali sebagai Perpustakaan Kolej Universiti Islam Malaysia (KUIM) telah ditubuhkan pada awal Julai 2000 di Menara IPB. Kemudian, ia dipindahkan ke Level 14, Menara Pandan, yang merupakan kampus kedua USIM, pada bulan Julai 2001. Perpustakaan sekali lagi dipindahkan ke kampus tetapnya di Bandar Baru Nilai pada Julai 2005 dan dikendalikan di perpustakaan Nilai Kampus. Pada masa yang sama, Perpustakaan Pandan Indah dikekalkan sebagai cawangan Perpustakaan Kampus Nilai. Perpustakaan di Pandan Indah, pada dasarnya, menyokong program pembelajaran dan penyelidikan Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan dan Fakulti Pergigian.
Pada permulaan operasi pada bulan Julai 2000, perpustakaan ini mempunyai 3 Pembantu Perpustakaan. Pada masa itu, Perpustakaan kemudian menerima Pustakawan pada bulan September 2000 dan seorang Pustakawan Ketua pada bulan Oktober 2000. Pada masa ini, (Ogos 2016) perpustakaan ini mempunyai 18 kakitangan pengurusan dan profesional dan 28 orang kakitangan sokongan, menjadikan jumlahnya seramai 46 orang.
Objektif utama perpustakaan adalah untuk menyediakan koleksi bahan rujukan yang luas untuk pembelajaran serta bahan bacaan tambahan untuk pelajar, pensyarah dan kakitangan USIM. Di samping itu, ia juga bertujuan untuk menyokong aktiviti pengajaran, pembelajaran dan penyelidikan di USIM. Oleh itu, pengambilalihan maklumat dalam bentuk bahan bercetak, pangkalan data multimedia dan dalam talian, sedang dijalankan secara aktif.
Perpustakaan menggunakan Sistem KOHA dan menggunakan Sistem Keselamatan Bahan Perpustakaan untuk meningkatkan kualiti perkhidmatannya. Sistem perpustakaan ini membolehkan para pengguna mengakses deskripsi maklumat, meminta bahan pinjaman dan membaharui bahan pinjaman melalui Internet. Selain itu, sistem keselamatan memastikan keselamatan bahan perpustakaan dikawal. Pengguna juga boleh menjalankan perniagaan dengan mudah dan berkesan dengan menggunakan perkhidmatan semakan diri yang disediakan di perpustakaan.
Koleksi terkini Perpustakaan USIM terdiri daripada pelbagai subjek seperti Undang-Undang, Da’wah, Pengurusan, Pengajian Al-Quran, Pengajian Hadis, Pengurusan Ekonomi, Perakaunan, Bahasa (Bahasa Arab dan Bahasa Inggeris), Perubatan, Pergigian, Komunikasi, Kaunseling, dan Sains Komputer. Kandungan bahan-bahan ini termasuk aspek kontemporari dan pandangan Islam.